Resmi Gazete'nin bugünkü sayısında yayımlanan yönetmeliğe göre, Başkanlığın hizmet birimleri, Alan Planlama ve Uygulama Grup Başkanlığı, Alan Yönetimi ve Tanıtım Grup Başkanlığı, Personel ve Destek Hizmetleri Grup Başkanlığı ve Hukuk Müşavirliğinden oluşacak. Alan Planlama ve Uygulama Grup Başkanlığı, Kapadokya alan planlarına ilişkin iş ve işlemleri yürütecek, Kapadokya alan planlarına esas halihazır haritaları ve jeolojik/jeoteknik etütleri yapacak, geçiş dönemi koruma esasları ve kullanma şartlarını hazırlayarak komisyona sunacak. Başkanlık, ayrıca komisyonun sekretarya hizmetlerini yürütecek, Kapadokya'da korunması gerekli taşınmaz kültür ve tabiat varlıkları ile sit alanlarının tespitini yapacak, Kapadokya'nın korunması ve geliştirilmesine yönelik her türlü araştırma, projelendirme ve eylem planlarını hazırlayacak, bunların uygulama esaslarını belirleyecek ve izleyecek. Alan Yönetimi ve Tanıtım Grup Başkanlığı ise Kapadokya alanının tanıtımına yönelik yurt içinde ve yurt dışında her türlü yazılı, görsel ve işitsel eserlere ilişkin iş ve işlemler ile halkla ilişkiler, basın ve medya konusundaki iş ve işlemlerden sorumlu olacak. Personel ve Destek Hizmetleri Grup Başkanlığı, yürütülen hizmetlere ilişkin yıllık çalışma programı ve stratejik planlamaları yapacak, Kapadokya alanındaki başkanlık idari binalarının her türlü proje ve uygulamalarını yapacak ve yaptıracak, bütçe ve diğer mali iş ve işlemleri yürütecek. Hukuk Müşavirliği de 26 Eylül 2011 tarihli ve 659 sayılı Genel Bütçe Kapsamındaki Kamu İdareleri ve Özel Bütçeli İdarelerde Hukuk Hizmetlerinin Yürütülmesine İlişkin Kanun Hükmünde Kararname hükümlerine göre hukuk birimlerine verilen görevleri yapacak.