Başbuğ hakkında terör örgütü Fethullah Gülen yapılanmasının siyasi ayağının araştırılmasına ilişkin sözleri nedeniyle milletvekilleri tarafından yapılan suç duyurusunun ardından hakkında açılan davada “kamu görevlilerine görevinden dolayı hakaret” suçundan cezalandırılması istemiyle 4 yıla kadar hapis cezasıyla cezalandırılması yönünde görülen davadan karar çıktı. Mahkeme tarafından görülen davada Başbuğ'un açıklamalarının suç duyurusunda bulunan milletvekillerinin doğrudan hedef almadığına ve kanunda suç olarak tanımlanmadığına hükmederek beraat kararı verdiğini duyurdu. İlker Başbuğ Ne Demişti? "FETÖ'nün siyasi ayağı yok dersek gerçeği inkar olur. Bunun yargının çıkarması ve siyasi iradenin ağırlığını koyması lazım. 26 Haziran 2009'da yasalar torba yasa olarak gündeme getiriliyor. Bu TSK ile ilgili bir kanun teklifi. Bu yasa 25 Haziran'ı 26'sına bağlayan gece yarısı oluyor. Bu yasa ile kimsenin haberi yok, biz bundan 26 Haziran sabahı 2009'daki toplantıda haberimiz oluyor. Bahsedilen yasa teklifi askeri şahıslar askeri mahalde işlediği suçlarda dahil özel yetkili mahkemelerde yargılanacak. Bu bir kere anayasaya aykırı. Bu tamamen ne için Dursun Çiçek için. Bu olay medyada "AK Parti ile cemaati bitirme planı" algısı olarak yapıldı. Sivil şahıslar her durumda askeri yerlerde yargılanmaz Özel yetkili mahkemelerde yargılanır. Kayseri'de biz bir olay yakalamıştık Hava İkmal Bölge Komutanlığı'nda astsubay yakaladık. Flaş bellek ayarlıyorlar. Burada sivillerden yardım alıyorlar. 14 Nisan 2009'da 'FETÖ ile mücadele edeceğim' dedim. Bu kanun teklifini kim hazırladı, tamamen FETÖ ile ilgili bu araştırılsın. 2020 yılında konuk olduğu programda şu sözleri üzerine Başbuğ hakkında milletvekilleri tarafından hakkında suç duyurusunda bulunulmuş, suç duyurusunun ardından harekete geçen Ankara Cumhuriyet Savcılığı, Başbuğ hakkında, , 'kamu görevlilerine hakaret' suçundan 4 yıla kadar hapis cezası talep etmişti.