Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı, Başbuğ’un “kamu görevlilerine görevinden dolayı hakaret” suçundan cezalandırılması istemiyle dava açtı. İddianamede, Başbuğ’un 4 yıla kadar hapis cezasıyla cezalandırılması talep edildi. İlker Başbuğ,, katıldığı bir televizyon programında FETÖ'nün siyasi ayağı tartışmasında,, askerlerin sivil mahkemelerde yargılanmasının önünü açan düzenlemeye dikkat çekmişti,, "2009'da bu kanun teklifini kim hazırladı" diye sormuştu. Teklifin FETÖ’nün direktifi ile hazırlandığını ileri sürmüştü. “Askerlerin sivil mahkemede yargılanmasının önünü açan o düzenlemede kimin imzası varsa siyasi ayak oradadır” demişti.