Kayseri Cumhuriyet Başsavcılığı'nca yürütülen FETÖ/PDY soruşturması kapsamında, Ömer Pekşen hakkında 'Silahlı terör örgütüne üye olma' ve 'ÖSYM Başkanlığı'nın teşkilat ve görevleri hakkındaki kanuna muhalefet' suçlarından dava açıldı. Kayseri 2'nci Ağır Ceza Mahkemesi'ndeki duruşmaya tutuksuz sanık Ömer Pekşen, Trabzon Adliyesi'nden Sesli ve Görüntülü Bilişim Sistemi (SEGBİS) ile katıldı. Pekşen, 2013 yılında yapılan askeri lise sınavlarının soru kitapçıklarının imha süresi dolmadan imha edildiği iddialarına karşı savunma yaparak, suçlamaları reddetti. Masum olduğunu söyleyen Pekşen, beraatını istedi. Mahkeme heyeti, suçu, 'Görevi kötüye kullanmak' kapsamında değerlendirerek, Pekşen'e 1 yıl 15 gün hapis cezası vererek, cezayı erteledi.
