İstanbul Bakırköy Cumhuriyet Başsavcılığı, Ergenekon Davaları ile ABD İstihbaratı arasındaki ilişkileri mercek altına aldı. Bir süredir devam eden araştırmalar şekillendi ve kapsamlı bir iddianame hazırlandı. Firari savcı Zekeriya Öz'ün Ergenekon soruşturmalarını ABD istihbaratı ile birlikte yürüttüğü öne sürüldü. İddianamede, Öz'ün soruşturmalar sırasında yaptığı telefon görüşmeleriyle yurtdışı bağlantılı hareket ettiği kaydedildi. Zekeriya Öz'ün o dönem kullandığı telefon kayıtları incelendi. 2 ABD numarası ile sık sık görüştüğü tespit edildi. Benzer durum, o dönem Ergenekon soruşturmasını yürüten bazı polisler için de geçerliydi. Ali Fuat Yılmazer, Tufan Ergüder, Hüseyin Işıldak ve Erol Demirhan'ın da ABD Başkonsolosluğu'na kayıtlı çeşitli numaralar ile görüştükleri tespit edildi. Toplanan kanıtlar neticesinde, Zekeriya Öz'ün Ergenekon soruşturmalarını yürüttüğü sırada ABD İstihbarat görevlilerinden talimat aldığı kanaatine varıldığı belirtilen iddianamede, Öz'ün "Görevini kötüye kullanma" suçunu işlediği vurgulandı.