Kamu kurum ve kuruluşlarında çeşitli personel kanunlarına tabi çalışanlara, benzer kadro ve görevlerde olanlar arasında ücret dengesi sağlamak amacıyla, belli oranlarda “ek ödeme” yapılmaktadır. 375 sayılı Kanun Hükmünde Kararnamede; ek ödeme yapılacak kamu görevlilerinden bazılarına bu ödemenin döner sermeye bütçesinden yapılması ve bu şekilde ek ödemesi döner sermayeden ödenen personele ayrıca ek ödeme yapılmaması hükme bağlanmıştır. Ancak, ek ödeme yerine döner sermayeden pay ödenen personele yapılacak sabit döner sermaye ödemesinin net tutarının, kadro ve görev unvanı veya pozisyon unvanı itibariyle haklarında belirlenmiş olan ek ödemenin net tutarından az olamaması da sağlanmıştır. Döner sermaye ve ek ödemeden yapılan kesintiler Kamu görevlilerine 375 sayılı KHK kapsamında yapılan ek ödemeden, Damga Vergisi hariç herhangi bir kesinti yapılmıyor. Ancak, 193 sayılı Gelir Vergisi Kanunu döner sermayeden yapılan ödemeleri vergiden istisna tutmamış olduğundan, döner sermaye ödemelerinden Damga Vergisinin yanı sıra Gelir Vergisi kesintisi de yapılmaktadır. Ek ödeme yerine döner sermayeden pay alan personele yapılan sabit döner sermaye ödemesinin en düşük net miktarı, bu personel hakkında kadro veya görev unvanı ya da pozisyon unvanı itibariyle belirlenmiş olan ek ödemenin net tutarı kadar olabilmektedir. Öte yandan, döner sermaye ödemesinden Gelir Vergisi kesintisi yapılıyor olması ve ilgili personelin gelir vergisi matrahının bu nedenle daha erken yükseliyor olması nedeniyle; bu personelin ücreti, ek ödemeden yararlanan emsallerine göre daha çok azalmaktadır. Bu itibarla, personel arasında ücret eşitliği sağlanması için getirilen ek ödeme düzenlemesinin, ek ödemesi döner sermaye bütçesinden karşılanan personel aleyhine bir durum ortaya çıkarması ilgili düzenlemenin amacına uygun olmayacağından, döner sermayeden yararlanan personelin aylık gelirinin ek ödemeden yararlanan emsal personele göre daha düşük olduğu durumlarda, aradaki farkın ilgili personele ayrıca ödenmesini sağlamaya yönelik bir düzenleme yapılması gerektiğini değerlendirmekteyiz. Sağlık Bakanlığı uygulaması Döner sermayeden pay alan personelin aylık gelirinin, döner sermayeden gelir vergisi kesilmesi nedeniyle, emsal personele göre daha düşük olması ve buna engel bir düzenlemenin de olmaması, uygulamada bazı kurumları çeşitli çözüm yolları geliştirmeye itmektedir. Örneğin Sağlık Bakanlığı, döner sermaye ödemesinden gelir vergisi kesintisi yapılması nedeniyle, ek ödeme alan emsal personele göre eksik ödeme yapılan personele, aradaki farkı yılsonunda topluca ödeme yoluna gitmektedir.