Cübbeli Ahmet'in bu açıklamalarına Milli Eğitim Bakanlığı'ndan tepki geldi. MEB Din Öğretimi Genel Müdürü Yılmaz'dan tepki MEB Din Öğretimi Genel Müdürü Dr. Nazif Yılmaz, Cübbeli Ahmet'in konuk olduğu programın sunucusu Ahmet Hakan'a hitaben yazdığı yazıda "Aşağıdaki açıklamayı iletmenizi istirham eder, şimdiden çok teşekkür ederim." ifadelerini kullandı."Sayın Ahmet Mahmut Ünlü’nün İmam Hatip Okulları ile ilgili açıklamaları kendisinin bu kurumlar hakkında sahih olmayan nakiller üzerinden zanda bulunmasına sebep olduğunu görmekteyiz." diyen Yılmaz, açıklamasında şu ifadelere yer verdi: "Bir asırdır “İmam Hatip Mektebi/Okulu/Lisesi” adıyla eğitim sistemimizde yerini alan İmam Hatip Okullarının temel misyonu, eğitim öğretimde bütüncül bir yaklaşımı esas alıp fizik-metafizik, madde-mânâ, dünya-ahiret dengesini ve ilişkisini gözeterek varlığa, hayata, bilime ve sanata tevhîdî bir anlayışla bakan, hayatın her alanında erdemleriyle var olan, tarihî ve kültürel mirasımızı özümsemiş, ailesine, çevresine, ülkesine ve bütün insanlığa faydalı olma idealine sahip, Kur’an ve Sünnet ekseninde bilgi ve hikmetin yolundan giderek medeniyetimizin ihyâ ve inşâ sürecinde sorumluluk alan öncü nesillerin yetiştirilmesi olmuştur. İmam hatip okullarında verilen eğitimde ve ders kitaplarında ayrımcılıkları ve mezhebî farklılıkları öne çıkaran bir anlayış değil Kur’an ve sünnet merkezli, temel islâmî kaynaklara dayalı bütünleştirici ve birleştirici bir yaklaşım ortaya konulmaktadır. Okullarda verilen din eğitiminde İslam dîni içerisinde ortaya çıkan farklı fıkhî yorumlar ve düşünce oluşumları bir zenginlik olarak kabul edilerek öğrencilerin bu bilgileri doğru bir şekilde öğrenmesi hedeflenmektedir. Bunun sonucunda, öğrencilerin Kur’an ve sünnet çerçevesinde doğru inanca sahip olmaları, doğru bilgi, doğru düşünce ve doğru dav¬ranış kazanmaları hedeflenmektedir. Ülke insanının dînî inanış ve anlayışlarını göz ardı etmeksizin bid’at ve hurafelerden arındırılmış, sahih bir din öğretimi, devletin denetim ve himâyesinde gerçekleştirilmektedir. 'Tashih etmesini arzu ediyoruz' Dolayısıyla bu nezih kurumlar hakkında kamuoyunu yanıltıcı bilgilerin hem de din adına anlatılmasını doğru bulmamaktayız. Okullarımızı, öğretmen ve öğrencilerimizi zan altında bıraktığı için ifadelerini tashih etmesini arzu ediyoruz. Bir de, kendisini daha geniş bilgi almak için 1951 yılında ilk açılan okullardan kendisine yakın olan Fatih’teki İstanbul Recep Tayyip Erdoğan İmam Hatip Lisesine davet ediyoruz."