Diyarbakır 4. Ağır Ceza Mahkemesindeki duruşmaya, Saraç, Sır, eski rektör yardımcıları Prof. Dr. Sabri Eyigün ve Prof. Dr. Aslan Bilici, Ses ve Görüntü Bilişim Sistemi (SEGBİS) üzerinden katıldı. Cumhuriyet savcısı, esas hakkında hazırladığı mütalaasında sanıkların cezalandırılması yönünde görüş bildirdi. Üzerine isnat edilen suçlamalara ilişkin savunma yapan Saraç, FETÖ üyeliğine ilişkin somut bir delil olmadığını ileri sürdü. Görev yaptığı dönemde kadrolaşma iddiasının gerçek dışı olduğunu öne süren Saraç, savunmasında şunları söyledi: "Hakkımda beyan veren kişiler ya rektör olduğum dönemde karşıma aday olmuş veya karşıdaki adayın etrafında bulunmuş insanlardır. Dolayısıyla husumetten kaynaklı beyan vermiş olabilirler. Kadrolaşma iddiası gerçek değildir. Uzun süren yargılanma nedeniyle mağdur durumdayım, bir an önce mağduriyetimin giderilerek beraatimi talep ediyorum." Dönemin rektör yardımcıları Sır, Eyigün ve Bilici de üzerlerine isnat edilen suçlamaları reddederek, beraat talebinde bulundu. Mahkeme, eski rektör Ayşegül Jale Saraç ve yardımcısı Aytekin Sır'ın "silahlı terör örgütüne üye olmak" suçundan 6 yıl 3 ay hapis cezasına çarptırılmasına, Eyigün ve Bilici'nin ise beraatine karar verdi.