Danıştay Başkanlığı'na başvuran Eğitim-Sen avukatları, fakültelerin cumhurbaşkanı kararıyla kurulmasının anayasaya aykırı olduğunu belirterek yürütmenin durdurulmasını istedi. "Anayasanın 130 ve 14'ıncı maddelerine aykırı" Eğitim Sen, Danıştay'a yaptığı başvuruda şu gerekçeleri sundu: "703 sayılı KHK ile getirilen hüküm ile 700 sayılı KHK ile getirilen 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları teşkilatı kanunu ek 30. Maddesi hükmü zımmen ilga edildiği için fakültelerin Cumhurbaşkanı kararıyla kurulması konusunda yasal dayanak bulunmamakta" 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanunu'nun Ek 30. Maddesi'nde fakültelerin cumhurbaşkanı tarafından kurulmasına yetki tanınmıştı. Ancak Eğitim Sen bunun yasal dayanağının oluşmadan fakülte kurulamayacağını şu ifadelerle belirtti: "Söz konusu değişiklik öncesi anılan yetki Bakanlar Kurulu'na aittir. Cumhurbaşkanı'na bu anlamda verilen yetki yalnızca basit bir yasa değişikliği anlamına gelmemekte olup kanun hükmünde olan bir Bakanlar Kurulu kararı ile Cumhurbaşkanına Anayasa'nın 104 ve 130. maddelerine aykırı bir yasa değişikliği gerçekleştirilmek istenmiştir" Anayasa'nın 130'ncı ve 140'ncı maddesi ne diyor? Madde 130: Çağdaş eğitim-öğretim esaslarına dayanan bir düzen içinde milletin ve ülkenin ihtiyaçlarına uygun insan gücü yetiştirmek amacı ile; ortaöğretime dayalı çeşitli düzeylerde eğitim-öğretim, bilimsel araştırma, yayın ve danışmanlık yapmak, ülkeye ve insanlığa hizmet etmek üzere çeşitli birimlerden oluşan kamu tüzelkişiliğine ve bilimsel özerkliğe sahip üniversiteler Devlet tarafından kanunla kurulur. Madde 140: Hakimler ve savcılar adli ve idari yargı hakim ve savcıları olarak görev yaparlar. Bu görevler meslekten hakim ve savcılar eliyle yürütülür. "Cumhurbaşkanlığı kararı hukuki dayanaktan yoksun" 703 Sayılı KHK'ye göre üniversiteler ile yüksek teknoloji enstitüleri ve bunlar içindeki fakülte, enstitü ve yüksekokullar, cumhurbaşkanınca yapılan yükseköğretim planlaması çerçevesinde kanunla kurulur. Eğitim Sen söz konusu düzenlemeyle ilgili şu tespitlerde bulundu: 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu md. 5(f), fakülte kurulmasının kanun ile olacağını açıkça düzenlediği için Cumhurbaşkanlığı kararıyla fakülte kurulması mümkün değildir. Kaldı ki, yürürlükte olan 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu madde. 7 (2) (d) fakülte kurulmasına matuf hazırlık işlemlerini düzenleyen hükmünün tatbik edilip edilmediği, Yükseköğretim Kurulu'ndan görüş alınıp alınmadığı da bilinememekte. Bu bakımdan dava konusu Cumhurbaşkanlığı Kararı, Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanunu'nun Ek 30. maddesine dayanmak suretiyle açıkça hukuki dayanaktan yoksundur ve iptali gerekmekte. Ayrıca Eğitim-Sen Boğaziçi Üniversitesi'nde açılan yeni fakülteleri de örnek göstererek, Yükseköğretim Kurulu'nun ve üniversitenin ilgili organlarının görüşü alınmadan tesis edilen işlemlerin de Anayasa'nın 131'nci maddesine aykırı olduğunu söyledi. Anayasa 131'nci madde: Yükseköğretim kurumlarının öğretimini planlamak, düzenlemek, yönetmek, denetlemek, yükseköğretim kurumlarındaki eğitim-öğretim ve araştırma faaliyetlerini yönlendirmek bu kurumların kanunda belirtilen amaç ve ilkeler doğrultusunda kurulur. Üniversitelerin kurulmasını, geliştirilmesini ve üniversitelere tahsis edilen kaynakların etkili bir biçimde kullanılmasını sağlamak ve öğretim elemanlarının yetiştirilmesi için planlama yapmak maksadı ile Yükseköğretim Kurulu kurulur.