Ayasofya Fatih Medresesi, Vakıflar Genel Müdürlüğünün tekrar inşası ile günümüze kazandırıldı. Ayasofya Fatih Medresesi Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesine Ayasofya Yerleşkesi olarak özüne uygun şekilde kullanılmak üzere tahsis edildi. Medresede, Ayasofya Araştırmaları Merkezi, Fatih Sultan Mehmet ve Dönemi Araştırma Merkezi, İslam Sanatları Uygulama ve Araştırma Merkezi, İslam Hukuku Araştırma Merkezi, Yazma Eserler Uygulama ve Araştırma Merkezi, Vakıf Araştırmaları Merkezi, Evliya Çelebi Çalışmaları Araştırma Merkezi, Görsel İletişim ve Tasarım Uygulama ve Araştırma Merkezi yer alacak. Medresenin mimari özellikleri Mevcut temel duvarlarının onarımları yapıldıktan sonra yapı bu duvarların üzerine oturtuldu. Duvar örgüsü ahşap hatıllar ve demir gergi sistemi ile güçlendirildi. Caferiye Sokak'a bakan ön cepheye taş kaplama yapıldı. Toplam oda sayısı 42 iken, onaylı proje ile işlevsel değişikliklerden dolayı birleştirilen mahaller oldu ve oda sayısı 38'e düşürüldü. 1473 metrekare alanda 1300 metrekare kapalı olanı bulunan medresenin birinci avlusunun büyüklüğü 155 metrekare, ikinci avlusunun büyüklüğü 230 metrekare, arka avlusu 115 metrekareden oluşuyor. Avlularda çelik konstrüksiyon üzeri ahşap deck yapılarak yürüme alanları oluşturuldu. Birinci avluda sarnıç kalıntıları korunarak üzerine deck yapıldı. İkinci avluda bulunan kalıntılar, çevresinden gezilerek sergilenecek şekilde açıkta bırakıldı. Z-02 mahallinde bulunan özgün taş döşeme korunarak çevresine ahşap döşeme yapıldı. Avlularda revak altları terracotta taban tuğlası ile kaplandı. Soğukçeşme Sokak cephesine bakan mahallerde terracotta taban tuğla ile döşeme yapıldı. Kapı ve pencereler, oda tavan kaplamaları ve döşemeleri ile revak kaplamalarında birinci sınıf çam kereste kullanıldı.