17 Mayıs 2006 sabah saatlerinde Danıştay binasından avukat kimliği aracılığı ile rahatça girerek Danıştay 2. dairesinin bulunduğu katta kurşun yağdıran Alparslan Arslan koğuşunda ölü bulundu.
Alparslan Arslan'dan kurşunlar daire üyelerinden Mustafa Birden, Yücel Özbilgin, Ayla Gönenç, Ayfer Özdemir ve Ahmet Çobanoğlu'na isabet etmişti. İsabet eden kurşunlardan dolayı Mustafa Yücel Özbilgin vefat etmişti.
Yaptığı bu saldırı o dönemde Ergenekon örgütünün azmettirdiği düşünülmüş ve Ergenekon Davası'na konu olmuş ve davası bu dava ile birleştirilmişti.
Alparslan Arslan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından iki kez ağırlaştırılmış müebbet ve 90 yıl 3 ay hapis cezasına çarptırıldı. Yargıtay 25 Kasım 2020'de ise Arslan'a verilen cezayı onamıştı.
Cezası onandıktan sonra Maltepe Cezaevine cezasını çekmek üzerine sevk edilmişti. Bu sürede de psikolojik sorunları olduğu nedeniyle Erenköy Ruh ve Sinir Hastalıkları Eğitim ve Araştırma Hastanesi'ne yatışı yapıldı ve sonra cezaevine geri yollanmıştı.
Alparslan Arslan yakalandıktan bir süre sonra koyulduğu cezaevindeki koğuşunu yakmaya çalışmış, dumandan etkilenerek hastaneye kaldırılmıştı. Akli dengesinin olmadığını da iddia etmişti lakin mahkeme bu kanaate varmamıştı.
Yıllar sonra Danıştay faili Alparslan Arslan Maltape Cezaevi'ndeki koğuşunda ölü bulundu. Arslan koğuşunda kendisini çöp poşeti ile asarak intihar ettiği belirtiliyor. Arslan'ın cesedi otopsi için Adli Tıp Kurumu'na kaldırıldı. Asıl ölüm sebebi kurumdaki incelemelerden sonra ortaya çıkacak.
